Trường được thành lập vào ngày 24 tháng 9 năm 1997 theo Quyết định số 797/1997/QĐ-TTg do Thủ tướng Chính phủ ban hành (Đại học này được mang tên niên hiệu Hồng Đức 洪德 của hoàng đế Lê Thánh Tông thịnh trị nhất toàn bộ lịch sử Việt Nam), trên cơ sở sáp nhập ba trường Cao đẳng: Cao đẳng Sư phạm, Cao đẳng Kinh tế - Kỹ thuật, Cao đẳng Y tế Thanh Hoá. Đại học Hồng Đức là trường đại học đầu tiên[2] trong hệ thống giáo dục đại học Việt Nam được thành lập theo mô hình mới: Đại học công lập, đa ngành, trực thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh Thanh Hóa và chịu sự quản lý Nhà nước của Bộ Giáo dục và Đào tạo.

Đại học Hồng Đức là trường theo định hướng ứng dụng phục vụ các mục tiêu kinh tế - xã hội, sản phẩm tiêu biểu: giống lúa Hồng Đức 9, lúa nếp hạt cau, bảo tồn gen (cây Khôi tía, vịt Cổ Lũng), chế biến cây Sachi, lọc sinh học xử lí Biogas, giống ngô lai QT55, Bơm thủy năng HĐBT, Công nghệ xử lí môi trường, chế biến cao Lan Kim Tuyến (Y-Dược), Bộ chế phẩm Trico – HDU, Giường bệnh thông minh đa năng, gạch không nung có độ bền cao, hệ thống điều khiển nhà trạm viễn thông thông minh, nông nghiệp công nghệ cao (nuôi cấy Đông trùng hạ thảo, trồng nấm Linh chi, rau an toàn trong nhà lưới, máy tách vỏ trứng, sản xuất khoai tây theo công nghệ tưới nhỏ giọt), phần mềm nhận diện khuôn mặt, phần mềm xác định chữ ký, hệ thống rửa xe tự động, giải pháp camera giám sát thông minh... theo hướng phát triển thành điểm sáng về Đại học ứng dụng[3] ở khu vực Đông Nam Á.

Mục tiêu chiến lược: Xây dựng Trường Đại học Hồng Đức[4][5]trở thành Đại học thông minh[6], là trung tâm đào tạo, nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ và đổi mới sáng tạo; hội nhập được với các trường Đại học tiên tiến trong khối ASEAN và quốc tế; có vị thứ xứng đáng trong hệ thống Đại học của Việt Nam.